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依据《增值税暂行条例》及《营业税改征增值税试点实施办法》(财税[2016]36号)的规定，用于免征增值税项目的进项税不得抵扣，因此对于因超期未申请退税而导致的改为免税的出口业务，其对应的进项税不得抵扣，已抵扣的需要做进项税额转出。
　　生产企业
　　生产企业出口退税采用免、抵、退办法，其进项税额参与抵扣，因此生产企业在发生退税改免税时需要把原已抵扣的进项税做进项税额转出即需要在附表二第14列把免税业务对应的进项税转出。
　　对于能分清的进项税可直接按分清的金额转出，对于分不清的进项税，根据《增值税暂行条例实施细则》第26条，需要根据当月免税收入占全部收入的比例进行转出，即：需做转出的进项税额=当月划分不清的进项税*当月免税收入/当月全部收入。如果对于对由于纳税人月度之间购销不均衡，按上述公式计算出现不得抵扣的进项税额不实的现象，税务征收机关可采取按年度清算的办法，即：年末按当年的有关数据计算当年不得抵扣的进项税额，对月度计算的数据进行调整。
　　外贸企业
　　依据财税[2012]39号及国税公告2012年第24号，外贸企业采用免退办法办理出口退税，其进项税额不得抵扣。因此对于外贸企业来说，其进项税没有参与抵扣，不需要做进项税额转出。
　　在实务操作中，外贸企业出口业务的进项税由两种处理模式：
　　进项发票认证或勾选确认后，直接填列在附表二第26、27、28栏不参与抵扣。
　　进项发票认证或勾选确认后直接填列在附表二第1、2栏参与抵扣，同时在附表二14列做进项转出(上海一般采用该填列方式,如出口企业向采用该填列方式，一定要先征求主管税局同意)
　　不论是上面哪种方式申报进项税，在做免税申报时都不需要再做进项税额转出。
　　另外对于外贸企业未取得进货发票的，根据国税公告2013年第12号的规定不得享受免税，如果有未取得进货发票的，能否免税可与主管税局协商(这个没发票不得免税的，并没有明确的政策，只是从国税公告2013年第12号对于免税处理的规定中推导出，实务中也有一些地区允许没有发票的业务做免税处理，因此对于此类业务最好先跟税局沟通看能否免税。对于跨境电商来说没法进货发票需要征税是明确的，但如果是杭州跨境电商综试区内的电商企业可免税，但该免税政策截止到2016.12.31，至今总局并未发布新的政策，跨境电商综试区内的电商企业需要注意及时与税局沟通能否争取无票免税)

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